Viele Jahre nach dem Ende von Risen haben die unaufhaltsamen Titanen die Welt verwüstet und die Menschheit an den Rand der Vernichtung getrieben. Auch aus den Tiefen der Meere erhoben sich die monströsen Kreaturen und brachten die florierende Seefahrt zu einem abrupten Ende. Der Held, nunmehr ein Jünger der Inquisition, wurde ausgesandt, um den Kreaturen aus der Tiefe Einhalt zu gebieten. Seine Reise beginnt bei den Piraten auf den südlichen Inseln, die Gerüchten zufolge von einer Möglichkeit wissen sollen, wie man sich der Kreaturen entledigen und ihre Herrschaft des Terrors ein für alle Mal beenden könne.

Risen 2: Dark Waters kombiniert die altbewährten Rollenspielmechaniken des Vorgängers Risen mit einem komplett neuen Piratenthema, angesiedelt in einer detail- und variantenreichen Inselwelt. Als ein aus der Third-Person-Ansicht gespieltes Rollenspiel mit düsterem und schmutzigem Setting, bewahrt Risen 2: Dark Waters die markantesten Charakterzüge des Originals und versetzt den Spieler dabei mit seinen verschiedenen Herangehensweisen für jede Mission in die Lage, die Welt mit seinen Taten zu verändern. Die Entscheidungen des Spielers eröffnen ihm neue Handlungsstränge und ermöglichen dem Charakter das Erlangen neuer Eigenschaften sowie zusätzlicher Fähigkeiten. Zusammen mit der hoch interaktiven Umwelt und einem durchgängigen Tag-Nacht-Wechsel, der diverse Aspekte des Spielablaufs beeinflusst, erschafft Risen 2 die lebendigste Spielwelt, die es je gegeben hat.