Das Spiel UFO: Enemy Unknown hat 1994 die Geschichte um die Verteidigung von Mutter Erde gegen unheimliche Aliens ins Leben gerufen. Nun - mehr als zehn Jahre später - setzen die noch recht unbekannten tschechischen Entwickler Altar Interactive, Cenega und Peter Games mit UFO: Aftermath Gold Edition die Reihe erneut fort.

Die Story knüpft dabei allerdings weder an die beiden ersten UFO-Teile noch an XCOM: Apocalypse an: Im Mai 2004 wird die Erde von einem riesigen Raumschiff besucht, das kurz darauf Sporen freisetzt, die alles Leben auf der Oberfläche vernichten - zumindest das Leben, wie man es bis dahin kannte. Mutierte Wesen, so genannte Transgenanten, die eine Kombination aus Mensch und Tier darstellen, prägen fortan das Bild. Die wenigen Überlebenden, die in unterirdische Bunker flüchten konnten, versuchen in den folgenden Wochen, die Reste der Zivilisation zusammenzukratzen und gründen den "Rat der Erde". Der Spieler wird von diesem Rat auserkoren, das Unternehmen Phoenix zu leiten: die Rückeroberung der Erde. Auf Grund des Fehlens eines Staatsgefüges und Geld entfällt in UFO der gesamte wirtschaftliche Aspekt. Alles Material, von den Basen über Forschung und Entwicklung sowie das Personal und dessen Ausrüstung wird vom Rat folglich kostenlos zur Verfügung gestellt.