En Killing Floor 2, los jugadores llegan a Europa continental, donde el brote causado por el experimento fracasado de Horzine Biotech se extendió rápidamente hasta quedar irrefrenable, hasta el punto de paralizar la Unión Europea.
Un mes después de la conclusión de los eventos en el Killing Floor, los clones de los especímenes están por todas partes y la civilización está en desorden total - las comunicaciones no funcionan, los gobiernos cayeron y las fuerzas militares fueron erradicadas. Las personas en Europa saben bien lo que es supervivencia y autopreservación, y algunos sobrevivientes afortunados lograron esconderse. Pero la esperanza no murió ...
Un grupo de civiles y mercenarios se unieron para combatir el brote y establecer bases operativas de fondo privado por toda Europa. Al rastrear los brotes de clones de especímenes, los jugadores llegar a áreas infestadas de zeds y los exterminarán.