Em Killing Floor 2, os jogadores chegam à Europa continental, onde o surto causado pelo experimento fracassado da Horzine Biotech se espalhou rapidamente até ficar irrefreável, a ponto de paralisar da União Europeia. 

Um mês depois da conclusão dos eventos no Killing Floor, os clones dos espécimes estão por toda parte e a civilização está em desordem total — as comunicações não funcionam, os governos caíram e as forças militares foram erradicadas. As pessoas na Europa sabem bem o que é sobrevivência e autopreservação, e alguns sobreviventes sortudos conseguiram se esconder. Mas a esperança não morreu... 

Um grupo de civis e mercenários se juntaram para combater o surto e estabelecer bases operacionais de fundo privado por toda a Europa. Ao rastrear os surtos de clones de espécimes, os jogadores chegarão a áreas infestadas de zeds e os exterminarão.