Ungefähr 20 Jahre nach den Ereignissen in Deus Ex ist die Welt im Begriff, sich von der katastrophalen weltweiten Depression zu erholen. In dieser chaotischen Umbruchsphase sehen mehrere religiöse und politische Interessengruppen die Gelegenheit eine weltweite Regierung nach Ihrer eigenen Agenda zu gestalten, da jegliche Entscheidungen, die jetzt getroffen werden, die Entwicklung der gesamten Menschheit für Jahrzehnte - wenn nicht gar für Jahrhunderte - bestimmen könnten. In diesem Techno-Albtraum nehmen Sie den Kampf auf, um die Welt aus ihrer eigenen Asche emporzuheben.

Dynamisch und innovativ ist dieses Action/Adventure ein Videospiel beispielslos nah an der Realität.
Biotechnische Modifikationen erlauben es Spielern, durch Mauern zu sehen, 15 Meter in die Luft zu springen, Verletzungen per Selbstheilung zu begegnen oder für das Radar unsichtbar zu sein.
Sie zu realen Schauplätzen wie Seattle, die Antarktis oder Kairo.
Im Schleichmodus nutzen Sie Schatten und Dunkelheit und seien Sie leise, denn die feindliche AI reagiert spontan.
Variables Spielgeschehen bietet Ihnen mehrfache Lösungen zu Problemen gleicht sich Ihrem Spielstiels an.
Problemlösungen auch durch gewaltloses Handeln erlaubt es Spielern ein moralisches Statement durch ihr Verhalten abzugeben.
Der Fortschritt des Spielers durch das Spiel wird von einer beispiellos freien Handlung und von einer dynamischen, nicht-linearen Geschichte mit verschiedenen Handlungssträngen unterstützt.