Eingebettet in eine märchenhafte Welt voll magischer Dinge und gruseliger Geschichten, übernimmt der Spieler die Rolle einen kleinen Mädchens, Anne, die nur versehntlich in die Villa eingesperrt wurde. Die Geschichte entfaltet sich, während der Spieler durch die dunkle Legende der zwiegespaltenen Villa läuf.
Das Spiel hat 144 Level, unterteilt in 4 Kapitel (Villen). Jede Villa hat Einsteigerlevel, in denen Anne ihre speziellen Fähigkeiten nutzen kann; zum Beispiel ein Handy zur Teleportation, eine Bombe einsetzen oder alle Räume gleichzeitig bewegen.
Rooms: The Unsolvable Puzzle ist der langerwartete, offizielle und komplett realisierte Nachfolger von Rooms: The Main Building, ein von den Kritikern gefeiertes und preisgekröntes IGF-Finale-Spiel; das global für Nintendo, DS, Wii und Steam veröffentlicht wurde. Rooms: The Main Building wurde seit der Veröffentlichung in 2010 über 400.000 mal verkauft.